Per chi non avesse familiarità con la serie, ci troviamo davanti a un rpg ambientato nel mondo del calcio. Abbiamo la possibilità di creare una squadra, selezionare i suoi componenti tra migliaia disponibili, appartenenti e non alla storia principale. Gli scenari di gioco si dividono nelle città/regioni in cui viaggiare, composte da mappe con visuale a volo d’uccello (stile remake di Dragon Quest) e nelle partite vere e proprie contro i team avversari. Nelle città, potremo interagire con altri personaggi, visitare negozi o affrontare gli immancabili combattimenti casuali che consistono in mini-partite 4 contro 4, per fortuna mai in numero eccessivo e frustranti.
I match invece, saranno controllati interamente da noi con l’ausilio del pennino. Dovremo controllare i nostri giocatori, usufruendo di tutte le regole del calcio vero e affidandoci al tempo stesso alle Tecniche Micidiali, attivabili durante contrasti, tiri, azioni difensive e offensive. Le tecniche consumeranno PT, punti tecnica, al pari delle magie in un qualsiasi gioco di ruolo. Ogni personaggio guadagnerà PT salendo di livello e il costo in PT della tecnica dipenderà dalla sua potenza. Allo stesso modo può impararne di nuove (esclusive) diventando più forte o apprenderle acquistandole nei negozi o trovandole nella mappa, fino a un massimo di sei totali, di cui quattro personali e due acquisite.
L’esito di ogni azione dipenderà dai parametri dei singoli giocatori (sette in tutto: attacco, fisico, controllo, difesa, velocità, resistenza e grinta) e dal numero di essi coinvolti in un’azione. In un contrasto per esempio, tre attaccanti saranno in vantaggio contro due difensori e viceversa. Ogni tecnica e giocatore possiedono uno dei quattro elementi: fuoco, albero, vento e montagna. Una tecnica di fuoco per esempio, diventa più potente se chi la usa appartiene allo stesso elemento.
Le abilità speciali possono essere contrastate solamente da altre mosse speciali. Qualsiasi tiro effettuato usando una Tecnica Micidiale andrà sicuramente a rete se non viene intercettato o fermato da un’altra tecnica. Per quanto sembri complesso il sistema di gioco, pennino alla mano ci si abitua dopo pochi minuti.
In Inazuma Eleven 3 sono inoltre state introdotte le Tattiche Micidiali, mosse speciali che coinvolgono più giocatori contemporaneamente o addirittura tutta la squadra, utili per farsi largo tra le difese avversarie e trovarsi facilmente davanti alla rete, ma anche per uscire palla al piede da situazioni difensive complicate.
Sono inoltre presenti nuovi metodi d’ingaggio dei giocatori, come i distributori di palline in pieno stile gashapon.
Ogre all’Attacco può anche connetersi a Fuoco Esplosivo e Lampo Folgorante, permettendo di trasferire i giocatori reclutati.